Костомаровский пещерный комплекс возник, возможно, еще в домонгольские времена. Монастырь по ряду сведений открыт в нач. ХХ в. как скит Белогорского мужского монастыря, в 1920-х закрыт. В годы войны восстановлен как приходской храм, в 1958 закрыт вновь. Восстановление начато в 1993, официально открыт в 1999.